液相色譜柱是液相色譜分離能力的核心部分，了解其化學性質參數，學會正確使用可以避免一些不必要的麻煩，進而提高實驗人員的工作效率。
液相色譜分析柱化學性質參數：
1、載碳量
載碳量是基質表面鍵合相的比例，載碳量高，則保留增加，適合分析非極性化合物。
2、鍵合相
鍵合試劑不同，對化合物的選擇性不同，一般長鏈的烷基鍵合相(C18 C8)比短鏈的(C4 C3)穩定;非極性的鍵合相比極性的鍵合相(-NH2)穩定。
3、封端
用短鏈將裸露的硅羥基鍵合后封閉起來，以減少殘留的硅醇基，減輕待測組分與酸性硅羥基反應而引起的色譜峰拖尾現象。尤其對于極性樣品而言，未封端處理的色譜柱分離效果較差。
4、硅膠基質
硅膠基質是通用的基質，強度大，化學修飾容易，但使用的pH值范圍有限(一般為2—8，特殊修飾的可以達到1—12)。
5、聚合物基質
聚合物基質多為聚苯乙烯—二乙烯基苯或聚甲基丙烯酸脂，化學穩定，應用pH范圍寬，具有更強的疏水性，對蛋白質等樣品分離效果較好;但強度較小，有機溶劑可能導致聚合物溶脹而受損，批次重復性較差，商品化色譜柱不多，一般價格較貴。
液相色譜分析柱在使用前，至好進行柱的性能測試，并將結果保存起來，作為今后評價柱性能變化的參考。但要注意：柱性能可能由于所使用的樣品、流動相、柱溫等條件的差異而有所不同;另外，在做柱性能測試時是按照色譜柱出廠報告中的條件進行(出廠測試所使用的條件是至合適條件)，只有這樣，測得的結果才有可比性。
1、樣品的前處理：
a、至好使用流動相溶解樣品。
b、使用予處理柱除去樣品中的強極性或與柱填料產生不可逆吸附的雜質。
c、使用0.45μm的過濾膜過濾除去微粒雜質。
2、流動相的配制：
a、流動相對樣品具有一定的溶解能力，保證樣品組分不會沉淀在柱中(或長時間保留在柱中)。
b、流動相具有一定惰性，與樣品不產生化學反應(特殊情況除外)。
c、流動相的黏度要盡量小，以便在使用較長的分析柱時能得到好的分離效果;同時降低柱壓降，延長液體泵的使用壽命(可運用提高溫度的方法降低流動相的黏度)。
3、流動相流速的選擇：
因液相色譜分析柱效是柱中流動相線性流速的函數，使用不同的流速可得到不同的柱效。對于一根特定的色譜柱，要追求更好柱效，至好使用更好流速。對內徑為4.6mm的色譜柱，流速一般選擇1ml/min，對于內徑為4.0mm柱，流速0.8ml/min為佳。
